El departamento de paleontología cuenta en sus colecciones con alrededor de 2000 ejemplares de diversas especies fósiles correspondientes a diversas formaciones de las cuales cabe destacar Herradura (Valanginiano), Chota (Cretacico superior), Puente Piedra (Titoniano),La mina (Carbonífero) Bosque Sexi (Eoceno) entre otros.

Los cuales atestiguan la diversidad de las especies a lo largo de diversas eras que abarcan desde el Paleozoico hasta el Cuaternario; la colección cuenta además con especies tipos de invertebrados como ammonites pertenecientes a géneros como Raimondiceras, Leptoceras, Limaites, Protacanthodiscus, Berriaselas, vivalvos como Virgotrigonia,trigonias y plantas fósiles como Tomiodendron peruvianum, Archaeocalamites, Sphenopteridium, Obandotheca laminensis ,Nothorhacopteris peruviana; Weichselia peruviana y Brachyphylum sp.

Se preservan muestras de diversas taxa que vab poríferos (estrellas), cnidarios (medusas y corales), equinodermos (estrellas, pepinos de mar y erizos), moluscos (diversidad de moluscos nacionales e internacionales), crustáceos, insectos y arañas. Se cuenta con el depósito del estudio de los polinizadores del zapallo, los estudios del Centro de Investigación de la Papa (CIP), individuos donados por la universidad de Kansas (Kansas University), entre otros.

Poseemos individuos conservados desde 1992. En la sección de herpetología se encuentran muestras de anfibios, lagartijas, serpientes, geckos,etc. principalmente de las investigaciones del destacado herpetólogo William E. Duellman y Antonio W. Salas, de la amazonía peruana y Ancash.

En la sección de mastozoología destacan los individuos colectados en el proyecto de biodiversidad amazónica, a cargo de César Ascorra, entre los que se encuentran murciélagos y roedores. También se cuenta con otros lagomorfos, cérvidos, marsupiales, primates, etc.

El Herbario del Museo de Historia Natural de la URP, mantiene entres sus colecciones muestras provenientes de donaciones de instituciones científicas como de investigadores(as). Desde sus inicios se ha recibido material botánico para su prevención y protección de dicho material, sobre todo porque somos considerados como institución depositaria de material biológico, otorgado por el SERFOR. El herbario se encuentra inscrito en el Index Herbarium con el acrónimo de HURP. Las principales colecciones que conserva el herbario son de la familia Orchidaceae, seguida por la familia Asteraceae del grupo de los cormofitos. Así mismo se cuenta con algunas especies del reino fungi y del reino protista como las algas. Estas colecciones están al servicio de los investigadores, las que contribuirán en el desarrollo de las ciencias biológicas.